南海争议问题成因非常复杂。报告称，20世纪90年代以来，尽管南海争议频繁发酵、海上摩擦事件不断，但在南海当事方的共同克制及努力之下，南海总体保持和平稳定局面。特别是2002年《南海各方行为宣言》(以下简称《宣言》)签署后，有关当事国总体能够按照《宣言》精神冷静理性处置有关问题：对无人居住的岛礁滩沙，基本没有采取新占行动；在主张重叠海域开展活动时，尽可能避免尖锐对抗。根据《宣言》精神，南海当事国之间建立了形式多样的对话合作机制：中国同越南建立了三个海上问题磋商工作组，同菲律宾建立了南海问题双边磋商机制，中方还在积极探讨同马来西亚等国建立对话机制。这些双边机制在管控南海争议和稳定南海局势方面，发挥着重要作用。

　　报告指出，执法和维权行动不是航行问题。南海地区经常被炒作的所谓“妨碍航行自由”“危害航行安全”问题，实际上是有的争端当事国和部分域外国家将南海区域的岛礁主权争议和海域划界争议，刻意解读为航行问题。

　　报告称，在当前备受关注的中菲南海摩擦中，中方相关行动是为应对菲律宾对中国相关岛礁领土主权的挑衅而采取的维权活动。不论是关于针对侵闯黄岩岛附近海域的菲律宾公务船的维权活动，还是针对在仁爱礁海域为非法“坐滩”军舰运送建材以构筑“军事前哨”的菲律宾船舶采取的拦阻措施，还是在仙宾礁潟湖内企图侵占岛礁主权的菲律宾海警船舶采取的强制措施，都属于维护主权性质的活动。在应对挑衅的过程中，中国海警船舶采取的航路管制等措施，显然不属于航行活动，当然不适用避碰规则。